Yami Yugi ra đời vào lúc Yugi hoàn thành trò chơi ngàn năm. Cậu xuất hiện và giúp chú nhóc Yugi. Từ lúc đối đầu với Bakura, Yugi phát hiện rằng Yami Yugi chính là nhân cách thứ hai của mình. Và trên đảo Pegasus, sau khi hạ gục Pegasus, Yami Yugi đã được Pegasus nói về sự tà ác của các bảo vật ngàn năm. Yami Yugi muốn tìm về quá khứ của mình. Sau khi hạ gục Yami Marik và có 3 lá bài thần linh, Yami Yugi bắt đầu hành trình đi về quá khứ. Cậu ta mới biết mình là Pharaoh thứ 18 của Ai Cập 3000 năm