Hai năm đã trôi qua, kể từ khi Cloud sử dụng năng lượng “Dòng sinh mệnh” để ngăn chặn sự huỷ diệt của Jenova, cả hành tinh tưởng chừng chỉ toàn những màu xanh của cây cối. Thế nhưng, những mầm mống hủy diệt & bệnh tật của Jenova vẫn còn ảnh hưởng đến những đứa trẻ sống tại khu vực tập đoàn Shinra. Thêm vào đó, thế hệ tiếp theo của Cloud với đại diện là Kajah, một lần nữa muốn kế thừa ý nguyện của Jenova là hủy diệt toàn bộ sự sống trên hành tinh.