Bối cảnh của bộ phim xảy ra trên chuyến hành trình tham quan chiến hạm Hotaka thuộc hạm đội Aegis. Xác của một sĩ quan thuộc Lực lượng tự vệ biển đã được tìm thấy… thiếu mất cánh tay trái. Và việc một tên gián điệp mật danh X đã thâm nhập được vào chiến hạm Aegis. Chưa bao giờ Ran ở vào tình trạng nguy hiểm đến thế… Và Conan phải nỗ lực đứng lên chiến đấu chống lại tên X, cũng như chống lại… số phận!