Sau những sự kiện xảy ra trong phần trước,thế giới vẫn bị tàn phá bởi đại dịch Virus-T.Bốn năm sau,Alice ( Milla Jovovich) và các nhân bản cố tìm và giết cho bằng được Alber Wesker (Shawn Roberts)tại căn cứ của trụ sở Umbrella ở Tokyo.Nhưng Wesker trốn thoát được và rời khỏi thành phố trước khi cho nổ. Toàn bộ phiên bản nhân tính của Alice đã bị tiêu diệt nhưng bản thật vẫn ở trên máy bay của Wesker.Trong 1 phút sơ suất,Wesker đã tiêm vào người Alice một loại huyết thanh tiêu diệt sức mạnh của V