Makoto Yuki, một thiếu niên mồ côi vừa được chuyển tới trường Phổ thông Gekkoukan ở Tatsumi Port Island, cậu trải qua một hiện tượng siêu nhiên được gọi là Giờ Bóng Tối, khi con người đều bị biến thành quan tài và những sinh vật kỳ quái mang tên Shadow xuất hiện. Cùng với những người bạn của mình, Makoto thức tỉnh Persona và chiến đấu đánh bại lũ Shadow. Nhưng, liệu mọi thứ có đơn giản như thế?