Cậu bé Rantarou được sinh ra trong một gia đình ninja truyền thống dưới thời đại Sengoku. Với mục tiêu trở thành một ninja xuất sắc, Rantarou đã được gửi đến một trường học đặc biệt chuyên đào tạo ninja. Tuy nhiên, tương lai có vẻ khá xa vời khi thầy cô và bạn bè của cậu ở ngôi trường này lại toàn là những người kì lạ…