Sau khi cả 17 Angel đều đã bị tiêu diệt, SEELE đã biết được kế hoạch của chỉ huy Ikari Gendou và quyết định mở một cuộc tổng tấn công chiếm lại các Eva, Adam và Lilith. Với lực lượng quân đội JSSDF và bộ Eva Series gồm 9 Eva trắng, cả trụ sở đều bị tổn hại nặng nề và Unit-02 không thể một mình kháng cự nổi. Cho tới khi Ikari Shinji bước vào buồng lái Eva Unit-01...