Mary và đóa hoa phù thủy là câu chuyện xoay quanh Mary cùng với thế giới phép thuật mà cô bé vô tình khám phá ra. Mọi chuyện bắt đầu khi chú mèo đen Tib dẫn Mary đi sâu vào trong khu rừng nơi có một loài hoa kỳ lạ. Bông hoa được Mary cầm trên tay bỗng nhiên xuất hiện một luồng sáng rực rỡ và xuất hiện một chiếc chối thần kỳ, đưa Mary đến với thế giới phù thủy đầy phép thuật.