Hayate, một cô bé bị liệt đôi chân đã tình cờ được chọn là chủ nhân của Quyển Sách Bóng Đêm. Nó sẽ dần ăn mòn cơ thể cô bé nếu 666 trang sách không được lấp đầy bởi pháp lực của những pháp sư khác. 4 hộ vệ của cô bé, những chiến binh Belka, vì muốn cứu chủ nhân nên đã giấu cô bé đi thu thập những trang sách. Tuy nhiên, ngày cuốn sách bị lấp đầy cũng là ngày đại họa đến với trái đất. Nanoha, Fate, Yuuno và những người bạn sẽ phải cùng nhau ngăn cản nó.