Một năm sau khi Negi, thầy giáo 10 tuổi của lớp 3A, rời England đến dạy ở Học Viện Mahora, hai đại diện của Học Viện Ma Thuật bỗng xuất hiện và thông báo rằng Star Crystal bị đánh cắp khỏi Học Viện Ma Thuật. Đó là một ma pháp khí cổ xưa mang bên trong sức mạnh ma thuật vô hạn và mạnh mẽ đến mức cả Thousand Master-pháp sư mạnh nhất của thế giới pháp sư-cũng không điều khiển nổi. Nó đã bị đánh cắp bởi kẻ nào? Và kẻ đó đã làm như thế nào? Đến tận cuối phim,chúng ta cũng không biết được (vui thật).