Sau kết thúc của Cuộc Chiến Chén Thánh Lần Thứ Tư tại Fate/Zero, Waver Velvet trở lại Tháp Đồng Hồ để trả lại món nợ máu mà cậu nợ thầy mình năm xưa do đã gián tiếp hại chết ông. Bỗng ngày nọ, người em gái danh nghĩa của Kayneth bắt cóc Waver và ép buộc cậu phải thừa kế anh trai của cô, đưa cậu trở thành một trong những pháp sư cao cấp nhất của Hiệp Hội Pháp Sư, Lord El-Melloi II.