Cuộc sống bình lặng của Kubo, một cậu bé thông minh, lanh lợi, nhanh chóng bị đảo lộn khi cậu vô tình triệu hồi một hồn ma bí ẩn đến từ quá khứ, mang trong mình vốn nợ máu có từ ngàn xưa. Trên đường chốn chạy, Kubo gặp gỡ hai người bạn Khỉ và Bọ, cả ba cùng nhau trải qua chuyến hành trình ly kỳ nhằm giải cứu gia đình và giải đáp bí ẩn xung quanh người cha đã khuất của cậu, vị chiến binh samurai vĩ đại nhất. Với sự giúp sức của shamisen, một loại nhạc cụ thần thông, Kubo phải đối mặt với muôn vàn