Shishio đưa chiến hạm của mình về hướng Tokyo, với mục đích lật đổ chính phủ Minh Trị, đưa Nhật Bản trở về thời biến lọa. Để ngăn cản hắn, Himura Kenshin đã tìm đến sư phụ dạy kiếm thuật của mình, học tuyệt chiêu của phái Phi Thiên Ngự Kiếm, và chiến đấu với bè đảng của Shishio…