Loạt phim nói về một người đàn ông tên Tsugami Shouichi. Anh bị mất trí nhớ và được một giáo sư cưu mang và sống trong gia đình ấy. Cuộc sống của Shouichi sẽ trôi qua trong yên bình bên cạnh những người thân của mình. Tuy nhiên, bằng một cách nào đó, Shouichi có thể biến hình thành chiến binh có sức mạnh vô địch, Kamen Rider Agito để chiến đấu chống lại những sinh vật bí ẩn được gọi là Unknown. Những con quái vật được gọi là Unknown có thói quen giết những người có siêu năng lực, và chúng luôn l