5 năm sau kể từ mùa hẹ định mệnh phiêu lưu ở thế giới Kỹ Thuật Số.  Những đứa trẻ đều trở về với cuộc sống bình thường thì đột nhiên Kuwagamon xuất hiện trên bầu trời Odaiba, kéo bọn chúng trở lại cuộc chiến của Digimon. Nhưng sức mức mạnh Digimon Lây Nhiễm khiến các Digimon của bọn trẻ phải rất khó khăn mới hạ được. Ngay sau đó, 1 Digimon bí ẩn là Alphamon đến truy đuổi Meicoomon, Digimon cộng sự của đứa trẻ thứ 9. Tại sao lại là Digimon Lây Nhiễm, tại sao lại truy đuổi các Digimon của đứa trẻ