Kẻ xâm lược bí ẩn được gọi là Septentriones đến Nhật Bản và bắt đầu tấn công đất nước vào ngày chủ nhật. Để chống lại, những anh hùng trong Devil Survivor 2 đã ký một hiệp ước với ma quỷ để trở thành sứ giả quỷ Thirteen. Các Septentriones xuất hiện ít nhất một lần một ngày và bạn có một thời hạn bảy ngày để đánh bại họ.