Conan , Haibara cùng đội thám tử nhí được dịp ghé thăm tòa tháp đôi Nishitamashi cao nhất Nhật Bản. Họ đã chứng kiến 3 vụ án mạng và thủ phạm đều để lại một chiếc tách sake. Đồng thời sự xuất hiện bọn áo đen là Gin và Vodka chúng đã phát hiện ra dấu vết của Sherry ( Haibara Ai ) và đặt bom trong tòa tháp đôi để xóa sạch dữ liệu liên quan đến tổ chức áo đen và thủ tiêu Sherry (Haibara Ai). Haibara và đội thám tử nhí bị mắc kẹt trong tòa tháp đôi cùng với những quả bom đang nổ chậm và Conan sẽ làm