Tiếp nối phần 1.Trong cuộc chiến tranh nổ ra giữa mối bất đồng ngoại giao giữa Đế Quốc Britannia và Nhật Bản, sau khi bị đánh bại Nhật đã trở thành một thuộc địa của Britannia và đổi tên thành Khu Vực 11, còn người nhật thì bị gọi Eleven, Lelouch Lamperouge tên thật là Lelouch Vi Britannia cùng em gái Nunnally Vi Britannia bị cha đưa sang Nhật. Trong một lần tình cờ Lelouch đã bị kéo vào một cuộc bạo động, và thoát chết nhờ C.C ban cho sức mạnh của Vua Chúa. Đổi Lại cậu phải thực hiện cho cô ta